因为颅底肿瘤邻近脑干和其它颅内神经结构, 所以手术治疗容易引起严重周围组织损伤, 放疗剂量不足, 疗效差。Benk等使用质子治疗了18例 4~18岁的患有颅底和颈髓脊索瘤的儿童患者, 治疗中位剂量为69 CGE (质子剂量占80%, 光子剂量占20%) , 中位随访时间为72个月。5年生存率为68%, 无瘤生存率为63%。其晚期损伤尚可接受, 共4例患者出现晚期放射反应:其中2例生长激素低下, 1例听力损伤, 1例颞叶坏死。Hug等治疗29例1~19岁儿童的多种颅底肿瘤, 恶性肿瘤包括脊索瘤 (10) , 软骨肉瘤 (3) , 横纹肌肉瘤 (4) 和其它肉瘤 (3) ;良性肿瘤诊断包括巨细胞瘤 (6) , 血管纤维瘤 (2) 和成软骨细胞瘤 (1) 。放疗剂量为50.4到78.6 CGE, 中位随访时间为40个月 (13~92个月) 。肿瘤局部控制为脊索瘤60%, 软骨肉瘤100%, 横纹肌肉瘤100%, 其它肉瘤60%, 只有1例巨细胞瘤局部失控, 其它良性肿瘤得到局部控制。